Σημαντικές καθυστερήσεις σημειώνονται στην πορεία υλοποίησης των έργων που χρηματοδοτούνται από το ΕΣΠΑ. Βασικά αίτια η γραφειοκρατία και η διαφθορά που εντοπίζεται σε συγκεκριμένους τομείς και υπηρεσίες. Σύμφωνα με εκτιμήσεις έργα που πλησιάζουν στα 4 δισεκατομμύρια ευρώ παραμένουν στάσιμα ή καθυστερούν σημαντικά. Από μια πρώτη εκτίμηση που έχει γίνει διαπιστώνεται ότι στην καλύτερη των περιπτώσεων απαιτούνται πάνω από 6 μήνες για να μπορέσει να ολοκληρωθεί το αρχικό στάδιο και να κριθεί επιλέξιμό ένα έργο.  

Στο πολυδαίδαλο γραφειοκρατικό σύστημα φύονται κυκλώματα διαφθοράς τα οποία μπλοκάρουν τις διαδικασίες και συχνά κρατούν στα συρτάρια έργα τα οποία θα μπορούσαν να ενεργοποιηθούν άμεσα. Για να ολοκληρώσουν μια διαδικασία «απαιτούν» το αναγκαίο γρηγορόσημο.  Εξαιτίας της γραφειοκρατίας υπολογίζεται ότι το τελευταίο διάστημα απεντάχθηκαν από το ΕΣΠΑ πάνω από 8.500 έργα.

Σύμφωνα με εκτιμήσεις και επιστημονικές μελέτες στη Τοπική Αυτοδιοίκησης μόλις ένα στα τρία έργα καταφέρνει να ενταχθεί τελικά και να χρηματοδοτηθεί από το ΕΣΠΑ. Σε συνολικό επίπεδο φορέων οι δήμοι παρουσιάζουν χαμηλά ποσοστά απορρόφησης.  

 Ένα μεγάλο ποσοστό των έργων που υλοποιούνται σχετίζονται με το περιβάλλον. Για παράδειγμα το 70% των έργων που προωθεί η Τοπική Αυτοδιοίκηση αφορούν σε περιβαλλοντικά έργα, όπως διαχείριση υδάτων, λυμάτων, απορριμμάτων και αναπλάσεις. Ο πρώτος και σημαντικός σκόπελος στην όλη διαδικασία αφορά στην Μελέτη των Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (ΜΠΕ), η  οποία απαιτείται προκειμένου να δοθεί το πράσινο φως για ένταξη. Δασαρχεία, αρχαιολογικές υπηρεσίες και πολεοδομίες αποτελούν το βασικό άξονα όπου εντοπίζονται συχνά προβλήματα και φαινόμενα διαφθοράς. 

Τα βήματα και τα προσκόμματα  στη διαδικασία ωρίμανσης  

Σε πρώτη φάση θα πρέπει να ληφθεί απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου για τη σκοπιμότητα του έργου. Με την απόφαση του Δ.Σ. εξουσιοδοτείται ο δήμαρχος ή ο αρμόδιος αντιδήμαρχος. Στη συνέχεια αν απαιτείται μελέτη βάσει διαγωνισμού, το έργο δεν υλοποιείται, καθώς «απαιτούνται πάρα πολλά χρόνια». Αν ο ίδιος ο φορέας μπορεί να εκπονήσει τη μελέτη τότε η διαδικασία προχωρεί στο επόμενο στάδιο, αν όμως δεν είναι σε θέση να εκπονήσει τη μελέτη τότε αυτή εκπονείται μέσω της Τεχνικής Υπηρεσία Δήμων (ΤΥΔΚ), η οποία λειτουργεί μόνο στο δήμο της έδρας του νομού. Σε περίπτωση που η ΤΥΔΚ δεν είναι σε θέση να κάνει τη μελέτη, υπάρχει η δυνατότητα ανάθεσης με αμοιβή. Για τις παραπάνω διαδικασίες εκτιμάται ότι απαιτούνται από ένας έως έξι μήνες. Αφού οριστικοποιηθεί η μελέτη γίνεται υποβολή στην Αρχή Χρηματοδότησης και υλοποιείται έλεγχος φυσικού αντικειμένου. Ανάλογα από το είδος της μελέτης απαιτείται εκπόνηση μελέτης σκοπιμότητας εσόδων. Ακολούθως εκπονούνται τα τεύχη δημοπράτησης και ξεκινάει η διαδικασία λήψης όλων των αδειοδοτήσεων από τις διάφορες υπηρεσίες ανάλογα και με το είδος του έργου. Μεταξύ άλλων απαιτείται χωροθέτηση για το χερσαίο χώρο, λιμενικό χώρο, δασικό χώρο κ.α. 

Βασικό προαπαιτούμενο είναι ο φορέας υλοποίησης να διαθέτει διαχειριστική επάρκεια, σε διαφορετική περίπτωση θα πρέπει να ξεκινήσει διαδικασία σύναψης προγραμματικής σύμβασης με άλλο πιστοποιημένο δήμο ή κρατικό φορέα.  

Η πρόταση υποβάλλεται μέσω Τεχνικού Δελτίου με βασική προϋπόθεση να υπάρχει ανοιχτό χρηματοδοτούμενο πρόγραμμα και να τρέχει ο χρόνος εξέτασης της πρότασης με πιθανή αναζήτηση συμπληρωματικών στοιχείων. Η διαδικασία αυτή μπορεί να υλοποιηθεί αρκεί ο χρηματοδοτών φορέας να μην απαιτεί πλήρη ωριμότητα για το έργο. Σε περίπτωση που απαιτείται τότε θα πρέπει να προηγηθούν όλες οι σχετικές αδειοδοτήσεις και εγκρίσεις. Αν τελικά ο χρηματοδοτών φορέας συμφωνεί τότε αποστέλλει έγγραφη απόφαση ένταξης του έργου και συνεδριάζει εκ νέου το Δ.Σ. του δήμου για να αποφασίσει αν αποδέχεται τους όρους ένταξης. Παράλληλα εκπονείται η απαιτούμενη Μελέτη Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων και ταυτόχρονα αποστέλλονται τα τεύχη δημοπράτησης για έλεγχο. Στο σημείο αυτό αρχίζουν να δημιουργούνται και τα σοβαρότερα προβλήματα. Η έγκριση της Μελέτης Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων ανάλογα με το φόρτο της κάθε υπηρεσίας, τη νοοτροπία και την εργασιακή συμπεριφορά που έχει διαμορφωθεί, μπορεί να διαρκέσει πάνω από 3 μήνες. Πιθανές παρατηρήσεις από συνεμπλεκόμενες υπηρεσίες οδηγούν σε αλλαγές στο τεχνικό δελτίο. Πολλές φορές απαιτούνται επιπρόσθετα ποσά που επιβαρύνουν το έργο.  

Οι «εναρμονισμένες πρακτικές» των εργολάβων 

Σε περίπτωση που ξεπεραστούν όλα τα προσκόμματα προχωρεί η διαδικασία. Ορίζεται επιτροπή διαγωνισμού, και διενεργείται ο διαγωνισμός. Όπως επισημαίνεται στην εισήγηση στο σημείο αυτό εντοπίζονται και τα κυριότερα προβλήματα. «Εδώ προκύπτει το τεράστιο πρόβλημα των “εναρμονισμένων πρακτικών” που ακολουθούν οι εργολάβοι, αφού το τιμολόγιο των έργων είναι μακράν της πραγματικότητας προς τα πάνω και παρέχει χαμηλές εκπτώσεις, διοχετεύοντας ένα σημαντικό ποσό του προϋπολογισμού του έργου, που κυμαίνεται από 3% έως 40% στην παραοικονομία και ασφαλώς σε βάρος του έργου αλλά και της δυνατότητας του δημοσίου και των δήμων να καλύπτουν άλλες ανάγκες είτε σε έργα είτε άλλη δημόσια δαπάνη». Οι «εναρμονισμένες πρακτικές» αποτελούν ένα μείζων ζήτημα. Τα βήματα της ταλαιπωρίας και τα προσκόμματα συνεχίζονται καθώς σε πολλές περιπτώσεις οι διαδικασίες ακυρώνονται και ξεκινούν από την αρχή.